Mikroskoplar mikroskopi prensibine göre sınıflandırılır ve polarize mikroskopi, optik mikroskopi, elektron mikroskopi ve dijital mikroskopi olarak ayrılabilir.
1. Polarize mikroskop, şeffaf ve opak anizotropik malzemeler için araştırma enstitülerinde kullanılan bir mikroskop türüdür ve jeoloji gibi bilim ve mühendislik ana dallarında önemli uygulamaları vardır.
2. Optik mikroskoplar genellikle optik parçalardan, aydınlatma parçalarından ve mekanik parçalardan oluşur. Optik bir mikroskop, 0,1 mikrometrelik minimum çözünürlük sınırıyla bir nesneyi 1600 kat büyütebilir.
3. Elektron mikroskopları, optik mikroskoplara benzer temel yapısal özelliklere sahiptir, ancak nesneler için çok daha yüksek büyütme ve çözünürlük yeteneklerine sahiptir ve nesneleri görüntülemek için elektron akışını yeni bir ışık kaynağı olarak kullanır.
4. Taşınabilir mikroskoplar esas olarak son yıllarda geliştirilen dijital mikroskoplar ve video mikroskopları serisinin bir uzantısıdır.
